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Protection, réinfection… Quelle immunité se développe-t-on après une contamination par Omicron ?

Des contaminations et des hospitalisations qui repartent à la hausse. Plus de deux semaines après la levée des restrictions sanitaires, l’Hexagone est au cœur de sa sixième vague épidémique. En cause : le sous-lignage BA.2, désormais majoritaire. Version mutée du variant Omicron (BA.1), avec une contagiosité environ 30 % plus élevée, BA.2 contamine massivement.

Si nombre de personnes sont infectées malgré un schéma vaccinal anti-Covid complet, de nombreuses réinfections sont survenues malgré une contamination récente. Ce qui pose la question de l’immunité développée après une infection par Omicron. Est-on protégé contre BA.2 lorsqu’on a déjà contracté BA.1 ? L’immunité acquise après l’infection est-elle protectrice, et combien de temps ? Selon les données recueillies, vous risquez d’avoir envie de remettre votre masque à l’intérieur.

Une immunité plus faible

Dès son apparition en novembre, Omicron a rapidement révélé ses spécificités : une souche qui provoque moins de formes graves que les précédentes, mais qui présente un échappement immunitaire. Non seulement les vaccins anti-Covid possèdent une immunité plus faible face à lui, mais l’immunité acquise après une contamination par Omicron serait aussi de faible qualité, même chez les personnes ayant un schéma vaccinal complet, selon une étude récemment publiée dans la revue Cellule. Les chercheurs ont constaté qu’une infection par le variant Delta, qui provoque généralement un tableau clinique plus sévère, produit des taux d’anticorps 10,8 fois plus élevés qu’avec Omicron.

Conséquence : « On pourrait se recontaminer potentiellement au BA.2 même quand on a déjà été contaminé à Omicron », avançait fin janvier le ministre de la Santé, Olivier Véran, sur LCI. Ainsi, « l’échappement à la réponse immunitaire est associé au taux de réinfection par Omicron plus engendré que pour les variantes circulant précédemment », confirmait Santé publique France le 23 mars. Cependant, « si des réinfections par BA.2 après une infection par BA.1 ont été détectées, elles restent rares, ce qui est un élément en faveur d’une protection croisée entre les deux sous-lignages », rassure l’agence sanitaire .

Mais en pratique, les chiffres s’emballent. « Le taux d’incidence sur les sept derniers jours est de 1.329 pour 100.000 habitants, en hausse de 50 % par rapport à la semaine précédente. Il grimpe même à 1.895 chez les 10-19 ans, actuellement parmi les plus touchés, avec un taux de positivité qui frôle les 50 %. Et le taux de reproduction du virus, le fameux R, est de 1,3 », détaille pour 20 minutes le Dr François Blanchecotte, président du syndicat des Biologistes. Une reprise de la circulation du virus « qui a généré une augmentation du volume des tests effectués de 30 %, soit plus de 3,8 millions de PCR et antigéniques sur les sept derniers jours, ce qui est considérable. Et parmi les cas positifs, il y a une proportion importante de réinfections par BA.2 », poursuit le biologiste. La sous-variante représente « 73 % » des nouvelles contaminations, précise Santé publique France.

Une immunité plus courte, avec des réinfections rapides

Car les variantes et sous-variantes se suivent, mais ne se ressemblent pas. Contrairement aux souches précédentes, « BA.1 et BA.2 utilisent les voies aériennes supérieures, mais pas profondes, et génèrent un gros rhume, avec des hospitalisations conventionnelles, certes en hausse, mais pas en réanimation », décrit le Dr Blanchecotte. Des formes moins graves, « mais des réinfections plus rapides, souligne-t-il. On observe que certaines populations, notamment les jeunes, sont supportées à nouveau et beaucoup plus rapidement. En pratique, ceux qui ont récemment contracté Omicron peuvent être réinfectés un à deux mois plus tard, ce qui signifie que l’infection n’a pas déclenché chez eux une immunité durable ».

Un constat confirmé par une étude prépubliée sur la plateforme medRxiv, menée sur un échantillon de participants contaminés entre le 22 novembre 2021 au 11 février 2022 présentant deux échantillons positifs dans un intervalle de 20 à 60 jours. « Sur 187 cas de réinfection, nous avons identifié 47 cas de réinfection BA.2 peu après une infection BA.1, principalement chez de jeunes personnes non vaccinées ayant développé une forme bénigne n’entraînant ni hospitalisation ni décès », confirment les auteurs. Ils y voient « la preuve que les réinfections par Omicron BA.2 se produisent peu de temps après les infections par BA.1 ».

Et « quand on superpose la vaccination et le taux d’incidence, on voit que ceux qui ont un schéma complet sont moins touchés que ceux qui n’ont pas reçu de rappel, à savoir les jeunes », note le Dr Blanchecotte. Dans le même temps, « le virus continue de se muer et de s’adapter en fonction des individus chez lesquels il peut se multiplier, rappelle le Dr Blanchecotte. On commence à détecter une nouvelle sous-variante BA.3 en séquençage ».

Une stratégie sanitaire à adapter

Face à un virus qui s’adapte, les autorités sanitaires possèdent en retour d’adapter leur stratégie. « La France doit-elle s’aligner sur l’Espagne, qui ne fait plus de tests et laisse le virus se disséminer dans la population ? Auquel cas, généralise-t-on la quatrième dose à tous les plus de 60 ans ? », interroge le Dr Blanchecotte. Une possibilité donnée par le Conseil scientifique, qui songe à « l’élargir aux personnes de 65 à 79 ans, en particulier avec des facteurs de risque ».

Pour l’heure, « le Conseil scientifique (…) souligne l’importance de conserver pour l’instant l’ensemble des systèmes de surveillance mis en place », ajoute l’instance qui conseille le gouvernement. « Conserver le séquençage est très important, estime le Dr Blanchecotte. Il faut rester en capacité d’étudier les changements qui interviennent sur les souches en circulation. Il y a quelques semaines seulement, BA.2 ne représente que 2 % des cas, comme Delta il y a quelques mois. Avant de devenir majoritaire en moins de trois semaines ». Le Conseil scientifique, toujours lui, « préconise d’entreprendre une réflexion sur l’évolution de ces outils à moyen et long terme », ouvrant la voie à une sortie du dépistage massif.

A ce jour, BA.2 est majoritaire en France et l’est aussi « à l’échelle mondiale », indique Santé publique France. Il représente 66 % des presque 280.000 séquences Omicron, contre 22 % un mois plus tôt.

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