visualisez un commentaire Omicron et ses sous-lignages ont supplanté les autres variantes

Le virus original du SARS-CoV-2, à l’origine de la pandémie de Covid-19 au début de 2020, a disparu depuis longtemps en France, a révélé la place à plusieurs variantes successives, jusqu’à ce que le très contagieux Omicron , devienne majoritaire à la fin de décembre 2021. Avec ses différentes sous-variantes, il a largement bénéficié à trois vagues d’infections.

L’apparition de ce variant, qui présente de nombreuses mutations par rapport à la souche historique du virus, n’était pas une surprise : la détection par les laboratoires britanniques du variant Alpha fin 2020, la communauté scientifique sait que le SARS-CoV- 2 peut muter.

Forte progression du sous-lignage BA.5

Il est possible d’observer la circulation d’un variant sur le territoire français grâce au séquençage : effectué à partir de prélèvements RT-PCR de malades du Covid-19, cette technique de biologie moléculaire permet de lire le génome complet du SARS-CoV -2 et de détecter de nouvelles mutations. Les données peuvent ensuite être partagées sur la base internationale Gisaid (pour initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire« initiative mondiale sur le partage des données relatives à la grippe aviaire ») ou encore dans le système européen de surveillance TESSy du Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC).

L’évolution de la part estimée pour chaque variante reste sujette à plusieurs biais (délai de publication, développement tardif du séquençage et évolutions de la stratégie nationale…), mais ces données, actualisées chaque semaine, montrent la progression de la variante Omicron en France métropolitaine .

L’évolution des variantes en France

Partie des prélèvements séquencés et déposés dans TESSy, par semaine et par variante classée comme préoccupante. Le graphique ci-dessous indique le nombre de séquences disponibles. Données par semaine, allant de celle du à celle du . Les semaines les plus récentes pour lesquelles moins de 200 séquences sont disponibles ne sont pas ajoutées au graphique.

Source : TESSy, données publiées par l’ECDC.

Les points de vue et opinions des auteurs exprimés ici n’énoncent pas ou ne se réfèrent pas nécessairement à ceux de l’ECDC. L’exactitude de l’analyse statistique des auteurs et des conclusions qu’ils rapportent ne reflète pas la responsabilité de l’ECDC. L’ECDC n’est pas responsable des conclusions ou des avis tirés des données fournies. L’ECDC n’est pas responsable de l’exactitude des données et de la gestion des données, de la fusion des données et de la compilation des données après la fourniture des données. L’ECDC ne sera pas tenu responsable de l’utilisation abusive ou incorrecte des données.

Le tableau ci-dessous recense les caractéristiques des principales variantes, selon la classification de l’OMS, qui baptise chacun d’entre eux avec une lettre de l’alphabet grec, dénomination jugée moins « stigmatisant » que leur origine géographique. Les plus « préoccupants » (ou VoC pour variante de préoccupation) sont répertoriés pour leur transmissibilité, leur virulence ou encore la moindre efficacité des vaccins face à eux. Peuvent s’y ajouter des variantes à suivre (VoI, pour variante d’intérêt). Parfois, l’OMS déclasse certaines variantes lorsque leur circulation diminue.

Pour voir le détail, cliquez sursélectionner une ligne.

Variantes préoccupantes dont ceux qui ne circulent plus

Variantes à suivre

Susceptibles d’être plus transmissibles ou plus graves. Son à l’origine d’une « transmission communautaire importante ou de plusieurs foyers de Covid-19, dans plusieurs pays ».

La technique de criblage, complémentaire au séquençage, permet de surveiller directement les mutations et leur évolution parmi les infections, au lieu de lire l’intégralité du génome du virus. Cette méthode ne permet pas d’identifier les variantes, mais a l’avantage de pouvoir être employée à plus grande échelle. Début août 2022, environ un quart des tests positifs au SARS-CoV-2 bénéficient d’un criblage chaque semaine, selon les données de SI-Dep, fichier qui recense les tests PCR et antigéniques.

Les derniers résultats montrent la progression de la mutation L452R (ou L452Q). Auparavant, cette mutation était portée essentiellement par Delta, et servait à l’identifiant. Elle permet de suivre l’évolution de certaines sous-variantes d’Omicron qui circulent, comme BA.4, BA.5 ou BA.2.12.1.

Les mutations les plus surveillées en France

Proportion des tests positifs criblés portant les mutations E484K, E484Q, L452R ou L452Q, et une combinaison de mutations spécifiques à Omicron « parmi les tests criblés où la mutation est recherchée et interprétable ». Données sur sept jours glissant allant du 31 mai 2021 au . A partir de fin décembre 2021, cette visualisation utilise les données correspondantes à la nouvelle doctrine de criblage (.PDF).

Cet article est une republication d’une première version, publiée en septembre 2021, et actualisée régulièrement depuis.

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